La crise de l'ESB a éclaté à la fin mars 1996, après que des informations en provenance d'Angleterre ont fait état d'une possible transmission de la maladie de la vache folle (encéphalopathie spongiforme bovine, ou ESB) à l'homme. Suite à ces annonces, le marché a été déstabilisé tout au long de l'année 1996. La forte baisse de la consommation de viande bovine a rendu impossible un écoulement normal et la viande a dû être stockée en grandes quantités. Les stocks n'ont pu être entièrement écoulés que fin 1999. En raison du nombre relativement élevé de cas d'ESB en Suisse, de nombreux pays ont décrété en 1997 une interdiction d'importer du bétail bovin suisse. Au cours des années suivantes, seuls quelques animaux, voire aucun, ont été exportés de Suisse. Depuis 2004, il est à nouveau possible d'exporter vers tous les pays de l'UE, y compris l'Italie et l'Autriche, qui avaient maintenu le plus longtemps le blocage des importations. Sur les 5'831 animaux exportés en 2009, plus de 70% l'ont été vers l'Italie.

En mai 2015, 25 ans exactement après l'apparition du premier cas d'ESB, l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) a attribué à la Suisse la catégorie de pays la plus sûre (pays à risque négligeable) en ce qui concerne l'ESB. Ce grand succès est le résultat d'un vaste programme de lutte qui a influencé de nombreux aspects de la santé animale jusqu'à aujourd'hui.

Quelques semaines après la découverte du premier cas d'ESB en novembre 1990, la Suisse a pris des mesures centrales. Afin d'endiguer la propagation de la maladie chez les bovins, l'utilisation de farines animales dans l'alimentation des ruminants a été interdite. Pour protéger l'homme, les matériaux à risque tels que la cervelle et la moelle épinière des bovins ont été exclus de la chaîne alimentaire. Depuis, plusieurs mesures d'accompagnement ont été prises, comme l'interdiction des farines animales pour tous les animaux d'élevage en 2001.

Depuis 2021, il est question d'utiliser à nouveau des protéines animales. L'utilisation de protéines animales permettrait de réduire le déficit protéique national et d'influencer les flux d'éléments nutritifs. La réintroduction des protéines animales est discutée uniquement pour les porcs et les volailles, comme cela est à nouveau autorisé au niveau de l'UE. Outre les avantages, la sécurité alimentaire et la nécessité de séparer les flux de marchandises constituent des défis. On ne sait pas encore quand et dans quelle mesure les protéines animales pourront être utilisées à l'avenir.