Nachdem aus England Meldungen von einer möglichen Übertragung des Rinderwahnsinns (Bovine spongiforme Enzephalopathie, kurz BSE) auf den Menschen publik wurden, kam es Ende März 1996 zur BSE-Krise. Als Folge dieser Meldungen wurde der Markt während des ganzen Jahres 1996 destabilisiert. Der starke Rückgang des Rindfleischkonsums verunmöglichte einen normalen Absatz und das Fleisch musste in grossen Mengen eingelagert werden. Die Lagerbestände konnten erst Ende 1999 vollständig abgebaut werden. Aufgrund der vergleichsweisen grossen Zahl von BSE-Fällen in der Schweiz verhängten 1997 zahlreiche Länder eine Importsperre für Schweizer Rindvieh. In den folgenden Jahren wurden nur wenige bis keine Tiere aus der Schweiz exportiert. Seit 2004 kann wieder in alle EU-Staaten exportiert werden inklusive Italien und Österreich, welche die Importsperre am längsten aufrechterhalten hatten. Von den 5’831 Tieren, die 2009 exportiert wurden, gingen mehr als 70% nach Italien.

Die Weltorganisation für Tiergesundheit (OIE) hat der Schweiz hinsichtlich BSE im Mai 2015, genau 25 Jahre nach dem Auftreten des ersten BSE-Seuchenfalls, die sicherste Länderkategorie (Land mit vernachlässigbarem Risiko) zuerkannt. Dieser grosse Erfolg ist das Resultat eines umfangreichen Bekämpfungsprogramms, das zahlreiche Aspekte der Tiergesundheit bis heute beeinflusst hat.

Wenige Wochen nach Entdeckung des 1. BSE-Falles im November 1990 hat die Schweiz zentrale Massnahmen getroffen. Um die Ausbreitung der Krankheit bei Rindern einzudämmen, wurde das Verfüttern von Tiermehl an Wiederkäuer verboten. Zum Schutz des Menschen wurden Risikomaterialien wie Gehirn und Rückenmark von Rindern aus der Lebensmittelkette ausgeschlossen. Seither wurden mehrere Begleitmassnahmen getroffen, etwa ein für alle Nutztiere geltendes Tiermehlverbot im Jahr 2001.

Seit 2021 wird der erneute Einsatz von tierischen Eiweissen diskutiert. Mit dem Einsatz von tierischen Eiweissen könnte das inländische Proteindefizit verringert werden und die Nährstoffflüsse beeinflusst werden. Die Wiedereinführung der tierischen Eiweisse wird für Schweine und Geflügel diskutiert, wie es auf EU-Ebene wieder zugelassen ist. Nebst den Vorteilen stellen die Lebensmittelsicherheit und die notwendige Trennung der Warenflüsse Herausforderungen dar. Wann und wie breit tierische Eiweisse in Zukunft eingesetzt werden dürfen, ist noch nicht bekannt.